本发明提供了一种基于堆叠拓扑的配电网故障自愈方法及系统，其方法包括：通过各智能终端获取配电网中各节点的电流，并根据预设的电流阈值判断所述各节点的电流的异常情况；将各智能终端进行堆叠连接，根据各智能终端的网络拓扑信息，生成配电网的堆叠拓扑，通过所述配电网的堆叠拓扑控制各智能终端之间的信息交互；根据所述各节点的电流和所述网络拓扑信息，通过智能终端进行各节点之间的信息交互，获得故障定位；基于所述故障定位，通过智能终端控制故障区域内节点的开关来隔离故障，得到故障隔离信息；根据故障隔离信息，通过智能终端控制控制各开关的状态，恢复配电网电力供电；实现了有源配电网中快速准确的故障定位、故障隔离和电力恢复。