本发明涉及密码与信息安全技术领域，尤其涉及一种双核心密码工程实验系统及实验方法。其中，双核心密码工程实验系统包括上位机应用系统和双核心密码实验系统，双核心密码实验系统包括安全芯片子系统和密码协处理子系统；用户通过上位机应用系统完成与系统交互和程序编写；安全芯片子系统向上位机应用系统的密码服务中间件的API函数提供密码服务APDU，并将接收密码协处理子系统和其他外部设备的信息交付到上位机应用系统中；密码协处理子系统与外部设备进行信息交互，并向上位机应用系统提供自定义密码算法引擎。本发明提供的双核心密码工程实验方法，用户根据选择实践学习的知识模块创建实验系统模拟架构，完成对所需密码工程技术的学习。