本发明属于微生物包衣剂的技术领域，具体涉及一种微生物微胶囊的制备方法和应用。本发明利用海藻酸钾和碳酸钙对海葵海洋杆菌进行胶囊化处理，以钙源缓解植物抗旱、抗盐的能力；通过海藻酸钾为有益微生物的存活提供了碳源，在延长海葵海洋杆菌存活时间的同时，海葵海洋杆菌也可以分解海藻酸钾产生海藻寡糖，利于促进植物根系生长。实验证明，利用本发明制备的微胶囊对种子进行包衣后，在20～25℃条件下保存种子60d后，种子表面微胶囊内微生物的存活率平均高达73.1％，以此微胶囊制备得到的种子包衣剂能大大提高植物抗旱能力和耐盐性。