本发明涉及污水处理技术领域，且公开了一种船舶污水深度处理系统，包括处理箱体，处理箱体内部固定安装有弧形阻隔板，处理箱体上壁固定安装有阻隔环，所述阻隔环和弧形阻隔板固定连接，阻隔环和弧形阻隔板将箱体分为两个空间，本发明通过将处理箱体分为两个空间，左侧用于加入药剂进行反应，反应时通过密封机构可将开口进行密封，将反应过程产生的沉淀阻隔在左侧，反应过程中通过过滤网筒可将较大的杂质阻隔在过滤网筒外侧，控制过滤网筒转动，以及转动机构配合，可将过滤网筒外侧的杂质进行刮除清理，传送机构控制过滤网筒转动时，还可将过滤网筒内侧的生成的沉淀通过出口传送至过滤网筒外侧，便于将过滤网筒上附着的杂质沉淀进行处理。