本发明涉及自然环境监护技术领域，具体涉及一种基于物联网的环境保护监测方法、系统，包括控制终端、分析层、采集层及评估层；所述控制终端用于控制分析层、采集层及评估层的运行开闭，及接收分析层、采集层及评估层运行数据；环境监护区域通过分析层设定，环境监护区域在设定后由分析层分析环境监护区域地形地貌，本发明能够以限定的环境监护区域进行地形地貌参数采集，从而以采集的地形地貌参数来构建环境监护区域模型，再以对环境监护区域模型的分析来决策环境数据采集逻辑及环境数据采集设备部署逻辑，有效的从数据采集层面，提升系统整体对环境监护区域的监护评估精度，使环境监护区域中采集的环境数据更具代表性。