本发明涉及一种针对柔性航天器故障的自适应容错控制方法，包括构建边界执行器、结构复合故障下柔性航天器系统的互联ODE‑PDE常微分方程‑偏微分方程模型；将边界执行器偏移故障和结构故障进行参数化，得到由执行器、结构复合故障引起的未知常数向量；设计容错控制器，通过边界控制信号以及分布式控制信号对复合故障进行补偿；对于所述容错控制器设计自适应参数更新律，以动态地调整容错控制器参数，通过李雅普诺夫函数验证柔性航天器姿态控制闭环系统的渐进稳定性能。本发明将自适应控制与容错控制相结合，解决故障下互联ODE‑PDE系统的控制难问题。