本发明公布了一种结合MD5与序列到序列模型的代码混淆方法及系统，具体步骤包括构建常量数据集、构造编码器字典和解码器字典、数据预处理、构建和训练一个序列到序列模型、构造解密函数、构造不透明谓词、插入不透明谓词和解密函数以及编译生成可执行应用程序。本发明结合MD5散列算法和序列到序列模型作为加解密算法，通过对表达式中的常量进行加解密来构造不透明谓词，以实现代码混淆。将表达式中的常量作为明文，使用MD5散列算法对明文进行加密，利用MD5散列算法的单向性，使生成的密文难以被逆向求解，增强不透明谓词抗静态分析的能力；使用序列到序列模型对密文进行解密，将密文到明文的映射以模型权重的形式进行保存，提升了不透明谓词的安全性。本发明公布的代码混淆方法可有效保护程序执行逻辑，增强程序抗逆向分析的能力。