本发明公开了一种高通量高分离选择性聚酰胺/木质素复合纳滤膜及其制备方法与应用，属于水处理膜技术领域。本发明以有机胺和木质素衍生物混合物为水相溶液，以均苯三甲酰氯为有机相溶液，利用界面聚合法在聚砜超滤支撑膜表面形成一层高性能的聚酰胺/木质素复合分离层，得到具有高通量和高分离选择性的聚酰胺/木质素复合纳滤膜。本发明所制备的纳滤膜具有高水通量和高分离选择性的优点，显著提高了纳滤膜在应用过程中的产水能力，降低了产水能耗和生产成本，且对一价/二价盐混合物具有精准的分离能力。本发明提出的制备方法过程简单，可操作性强，制备条件易于控制，因此该方法具有广阔的规模化应用前景。