本发明提供了一种针对卫星仪器相对精度稳定性的数据处理方法和系统，通过在不同阶段对卫星上有相对精度稳定性要求的两台仪器进行精度测量，获取不同阶段卫星上仪器的精度测量数据，并在后台对原始精度测量数据进行正交规范化处理，计算不同阶段间两台仪器相对精度的变化量，获取两台仪器的相对精度稳定性。本发明解决了在相对精度稳定性计算的过程中，精度测量矩阵经处理后相对初始测量偏离失真的问题，避免在后续的复杂转换过程中误差放大的风险，减少在后续数据处理与分析过程中产生算法系统误差。