本发明公开了一种用于变电站二次设备与回路异常的在线识别方法和系统，包括：获取变电站一次设备对应的二次设备的同源数据；若任一电气量满足启动判据或任一套保护装置发出启动信号，则进行同源数据一致性比对和异常识别；进行一致性比对，若所有类型的同源数据一致时，则确认二次设备与回路无异常；反之，则对该类型的电气量进行一次设备运行状态判别和二次异常识别；根据一次设备运行时的电气量特征，识别一次设备的运行状态；针对同一类型下不一致的电气量，根据一次设备有无区内外故障，选择不同的算法确认异常支路，进而识别二次设备与回路的异常类型。解决现有技术在识别变电站二次设备与回路异常时，无法识别异常或识别错误的问题。