本发明公开了智能水网多功能输水通道构建方法、系统及装置，包括S1、基于水网建设的需求和规范，确定其业务功能，并完成水网输水通道的架构构建；S2、新增水网输水通道系统装置，补充完善水网输水通道组件；S3、获取水网输水通道结构布局方案，并验证当前布局在不同工况对应的运行措施；S4、确定水网输水通道系统的结构组成与控制运行的模式；S5、获取水位初始数据，并采用自抗扰控制算法计算得到水网输水通道实时的准确水位值；S6、将水网输水通道实时水位值作为水动力模型输入、联动控制决策作为水动力模型输出，并结合大时滞控制模型的预测指引，得到闸门开度控制决策；S7、得到水网输水通道预测模型的多输入多输出的状态‑控制决策机制。