本发明公开了一种头孢脱色系统及工艺，若干个阴离子树脂柱组成的系统包含以下工艺位：碳酸氢钠顶料区、循环进料区、脱色区、二次淋洗区、转型区、一次淋洗区、再生区、反洗区，在每个树脂柱上设置多个自控阀门，通过不同自控阀门的开闭，实现阴离子树脂柱的切换，进而通过控制上述工艺位的切换，实现系统的连续运行；在每个周期内，将脱色区的阴离子树脂柱切出进入循环进料区，用于料液的预处理，再通过碳酸氢钠顶料区、反洗区、再生区、一次淋洗区、转型区、二次淋洗区对阴离子树脂柱进行交换能力的恢复、转型。本发明通过串并联方式连接，可以降低化学品—酸和碱的消耗，同时减少水的用量，降低生产成本和环保成本。