本发明涉及遗传育种领域，具体涉及与小麦籽粒相关性状相连锁的分子标记的特异性引物和应用。本发明获得的与籽粒相关性状基因紧密连锁的分子标记，是在对我国四川地区的地方品种和育成品种组成的四川种质群体的籽粒相关性状进行全基因组关联分析获得的多个新标记，这些标记靠近籽粒相关性状的有关基因或直接位于相关基因上，重复性好，稳定性强，可以用于小麦籽粒相关性状的鉴定和小麦优良籽粒性状后代的分子辅助选择，进而加快优良籽粒品种小麦的育种进程。