本发明提供一种TBM下穿填石路基的施工方法。所述施工方法包括以下步骤：(1)管棚超前支护的施工；(2)填石路基区域的加固；(3)泡沫系统改装；(4)下穿前超前地质探测和取芯检测；(5)TBM下穿期间掘进参数控制。本发明解决了TBM下穿填石层高速路基的难题，有效的减小了下穿期间对填石层路基产生的扰动，施工效果好，下穿高速路基过程安全平稳、大大缩短了施工工期，节约了成本。与传统暗挖法下穿风险源相比，避免了过多的人员、设备和材料的投入，有效的缩小了对周围环境的影响，做到了节能、节材和环境保护的绿色施工，环境效益显著。