本发明公开了一种集成多热源储热的强柔性燃煤发电系统及运行方法，该系统在锅炉尾部烟道中的省煤器和SCR脱硝装置之间布置两个平行分隔的烟道，并且配有烟气调节挡板和烟气‑蒸汽换热器，同时耦合熔盐储热系统；在燃煤发电系统低负荷运行时，分流部分再热蒸汽至烟气‑蒸汽换热器对SCR脱硝装置的入口烟气温度进行精确调节，同时利用蒸汽提高锅炉给水入口温度，实现低负荷下锅炉稳定燃烧和SCR高效脱硝；该系统还通过分流部分再热蒸汽加热熔盐和电加热熔盐方式进一步提高燃煤发电系统深度调峰能力；该系统在燃煤发电系统高负荷运行时，分流部分锅炉给水至熔盐储热系统，经熔盐加热后产生蒸汽汇入汽轮机低压缸入口，提高了燃煤发电系统的变负荷速率。