本发明公开了一种用于多端线路的区外故障CT饱和判别方法和系统，属于CT饱和故障识别领域，用于多端线路的区外故障CT饱和判别方法方法包括如下步骤：采集多端线路的各侧的测量电流值和测量电压值；若任意一侧的测量电压值与用其他侧推算的该侧电压值一致，且可靠系数与各侧的测量电流值之和的积的模小于任意一侧测量电流值与其他侧的测量电流值之和的差值的模，则该侧发生区外故障；并继续判断，若各侧的测量电流之和的模大于电流定值时，则判定为区外故障引发该侧CT饱和，闭锁差动保护，避免差动保护误动作。仅通过测量的电气数据进行精准的推算就能实现对CT饱和的识别，提高了对CT饱和识别的可靠性和简便性。