本发明公开了一种天然气与电力耦合的综合能源系统风险评估方法及系统。本发明的方法包括：建立电气耦合的综合能源系统的电力市场出清优化模型，得到综合能源系统的最优潮流结果和市场电价结果；设定电气耦合的综合能源系统的故障概率，得到综合能源系统的风险场景集合；根据出清优化模型和风险场景，建立电气耦合的综合能源系统风险计算模型，得到风险指标计算方法；在风险场景下计算各子风险值，将各子风险值加权平均得到电气耦合的综合能源系统风险指标值；建立风险等级划分标准模型，将风险指标值与其进行比对，得到电气耦合的综合能源系统风险等级。本发明可以有效提高电气耦合的综合能源系统风险评估的准确性。