本发明公开了一种不对称故障穿越的控制方法、系统、电子设备及介质，涉及电力系统领域，基于并网点的电压和预设比较系数来确定变流器的无功电流指令，使最终得到的无功电流指令可以满足电网导则对负序无功电流的输出要求，同时还可以有效抑制有功功率二倍频波动，有功电流指令是在不损坏变流器的前提下确定的；保证故障期间风力发电系统能够输出满足电网导则要求的无功电流，抑制故障期间风力发电系统并网点的有功功率二倍频波动，并根据变流器的情况配比有功电流，在不增加硬件设备的基础上，增强电网不对称故障期间风力发电系统的稳定性，抑制故障期间风力发电系统并网点的有功功率二倍频波动，提高风力发电系统的并网电能质量。