本发明公开了一种电池储能系统的能量管控方法及系统，该方法包括：分别获取子储能系统中各个储能电池的运行数据；根据运行数据确定对应储能电池的剩余电量和额定功率；基于储能电池的剩余电量情况和额定功率，设定各个储能电池的运行状态；根据获取的总功率指令值，对储能电池进行功率任务分配；基于储能电池的剩余电量，对分配的功率任务进行修正；分别选取各个储能电池的功率优化值、功率调整值和额定功率值中的最小绝对值作为储能电池的功率指令；应用各个储能电池的功率指令对各个储能电池分别进行能量监测及保护控制。本发明采用上述的一种电池储能系统的能量管控方法及系统，可以充分分析各个储能电池的特性差异，有效提高能量转换效率。