本申请涉及一种基坑降水的技术领域，尤其是涉及一种基坑底部管井降水系统，其包括开设在基坑底部的井坑，所述井坑的内部设置有井管，井管的下部设置有透水层，所述井管的透水层内放置有提升泵，提升泵上连接有水管，水管包括依次连接的第一竖管、第一横管和第一延伸管，所述第一竖管连接于提升泵的出水端，所述第一横管水平设置在井管的上方并向基坑的边缘延伸，基坑的底部依次由向下向施工有底板、防水层和筏板，所述第一横管位于底板的下方。本申请还涉及一种基坑底部管井降水系统的施工方法。本申请具有在管井降水中的保持筏板下方的防水结构的整体性的效果。