本发明提供了一种纵向数据的贝叶斯敏感性分析方法及系统，该方法包括以下步骤：形成原始样本集并估计其纵向因果中介效应真实值；在非结果变量的临床医学观测指标中选取两个分别作为基线未测量混杂变量和时变未测量混杂变量；将其余的临床医学观测指标的纵向数据形成观测变量数据集并估计纵向因果中介效应估计值；确定联合概率密度函数的参数与偏置参数的表达式；获得联合概率密度函数的参数；模拟出观测变量数据集副本；估计观测变量数据集副本的纵向因果中介效应模拟值；评估所选取的两个临床医学观测指标对结果变量所对应的临床医学观测指标的直接、间接以及交互效应的影响。本发明为疾病防治工作提供技术支撑。