本发明一种适用于独立微电网的多级协同继电保护方法，步骤为：1、分析微电网结构及典型电源的控制特性，得出独立微电网在故障前后的电压、电流变化规律；2、根据电压电流变化规律，在微电网母线层级设置电压保护判据，确定故障发生并向控制系统发出报警信号；3、针对双端电源线路区段发生故障，措施一：采用电流差动保护以满足速动性的要求；措施二：在线路两端设置阻抗测量元件，以识别线路正方向区内发生故障，构成阻抗型方向纵联保护；针对仅有单侧有电源接入的负荷支路发生故障，当正方向发生故障时，微电网电压发生跌落、支路电流增大，在网级保护启动的基础上利用过电流信息来满足保护需求。本发明不受故障类型影响、具有较好的可靠性。