本发明公开了一种用于水体引用的拦截过滤系统及运行方法，拦截过滤系统包括高分子纤维浮岛装置、生态拦网、配重石以及碎石压底，配重石上固定有仿生水草；高分子纤维浮岛装置上设有信息采集装置，信息采集装置包括太阳能光伏板、蓄电池、控制芯片、固定底座、通信模块以及水质传感器，太阳能光伏板用于为蓄电池充电，蓄电池与通信模块以及水质传感器电连接；控制芯片用于通过水质传感器获取水体数据，并通过通信模块将水体数据传输至处理终端，处理终端分析水体数据获取水质参数并根据水质参数控制引水量。本发明能够在水域生态系统构建初期提供一个良好水环境，而且微生物的投放以及工作效率更高，净化效果更好。