本发明提供了一种新建河道防渗闭气结构的施工方法，包括如下步骤：河道清基、内坡倒滤结构施工、固化土分级吹填、固化土养护、河道开挖、护坡打设塑钢板桩和护坡护面施工。主要解决采用海底淤泥质土作为河道防渗闭气土时含水率高、承载力低、开挖难度大，新建河道防渗闭气效果不佳等难题。通过采用吹填海底淤泥固化土的方式，对原状淤泥质土进行改良处理，改善淤泥质土性能，满足防渗闭气功能要求的同时便于河道开挖，就地取材，减少了施工成本；在抛石堤内坡沿河道打设一排塑钢板桩，截断抛石堤渗水通道，进一步确保防渗闭气效果。