本发明公开了一种基于肠癌类器官及类器官移植瘤小鼠模型的药物筛选方法，涉及材料分析测试领域，首先进行肠癌类器官及类器官移植瘤小鼠模型的制备和基线评估，然后通过注射方式获取所述药物样品，然后通过质谱分析方式和差异评估分析算法模型对肿瘤内细胞和分子水平变化进行分析和验证，并根据实时角度与目标角度的偏差大小和方向计算石英晶体切割过程的调整转角，然后通过综合评估模块对治疗药物样品作用后肿瘤的状态参数进行评估，然后进行药物样品优化和选择；本发明能够基于肠癌类器官及移植瘤小鼠模型识别新的药物及其作用机制，为肠癌治疗提供更好的选择，提高药物研发的效率和准确性。