本发明提供一种矿区尺度水资源调配系统及矿区尺度水资源调配方法。矿区尺度水资源调配系统包括：第一管路，连通地表与地下水库，其上安装有第一阀门；第一水泵，安装于第一管路上；灌溉装置，第一管路露出地表的一端连通灌溉装置；第二管路，连通地表水与地下含水层，其上安装有第二阀门；第三管路，连通地下含水层与地下水库，其上安装有第三阀门。采用本发明，分别借助管路连通地下水库与地表、地表水与地下含水层，以及地下含水层与地下水库，充分综合利用地下水库、地下含水层和地表水资源，实现地下水库、地下含水层和地表水资源之间的科学调配，减少水资源浪费，提升了矿区水资源的利用率。