本发明公开了一种用于水力发电机组的振动抑制系统；包括控制模块，所述控制模块上电性连接有处理模块，所述处理模块上电性连接有检测模块，所述处理模块上电性连接有PID控制模块；一种用于水力发电机组的振动抑制系统的运行方法，包括有以下步骤：S1、发电机组运行检测振动信号；S2、对检测后的数据信息进行计算处理：S3、PID控制模块进行计算处理；S4、检测控制调节过程；本发明通过PID控制模块进行计算处理，并且控制模块实现抑制控制；并且PID控制模块采用单神经元，持续对PID参数进行实时调整，从而实现自适应控制，增加了水力发电机组的一阶模态阻尼，水力发电机组所受疲劳载荷减小，保障水力发电机组安全稳定运行。