本申请涉及核电站自动控制领域，公开了一种核电站凝结水泵系统及其控制方法。该系统包含凝结水泵组且每台凝结水泵配置单独变频器，除氧器的入口处设置有液位调节阀；该方法包括检测除氧器的当前液位值，若当前液位值小于第一预定值或大于第二预定值，则计算当前液位值与预定值的差值，将差值送到第一PID控制器进行计算得到第一控制指令并输出到除氧器液位调节阀以调节除氧器的液位，以及计算当前液位调节阀的前、后压力的差值，将差值与预定差值进行比较并将比较结果送入第二PID控制器进行计算得到第二控制指令并输出到变频器以调节对应凝结水泵的频率。本申请可减少节流损失及液位调阀和凝结水泵的频繁动作,有效提高系统运行的经济性和稳定性。