本发明公开了一种基于苗期组织解剖快速鉴别奇楠沉香和普通沉香的方法，通过解剖观测苗木茎干木材结构指标快速鉴别奇楠沉香与普通沉香，苗木茎干木材结构指标包括内涵韧皮部面积和射线细胞壁厚度；当内涵韧皮部面积≥98220.33μm2/mm2和/或射线细胞壁厚度≥2.62μm时，鉴别为奇楠沉香；当内涵韧皮部面积≤74374.67μm2/mm2和/或射线细胞壁厚度≤2.05μm时，鉴别为普通沉香。本发明方法制定了基于苗木组织解剖的奇楠沉香与普通沉香的鉴别标准，只需通过观测苗木茎干的内涵韧皮部面积和射线细胞壁厚度即可鉴别奇楠沉香与普通沉香，能较早地在苗期（结香前）实现鉴别，可以在种植前保障苗木质量，预防种植后期的巨大损失。