本发明涉及一种主站系统全数据刷新方法，包括1)主站系统侧统计每个变电站远动装置对总召命令的响应时间；2)各变电站内远动装置统计主站系统对本站每次下发总召时间间隔；3)各变电站内远动装置统计自身下发总召命令后，到最后一个间隔响应总召数据刷新结束时所用时间；4)变电站远动装置重启后，需要重新统计该变电站内数据总召唤平均响应时间及主站下发总召时间间隔；5)数据上送。本发明基于现有设备水平和变电站内外通信网络条件，提高采样数据时间一致性，实现变电站侧在自身总召完成大约100ms后，刚好响应主站下发总召命令，较好地提高全网断面数据时间一致性。