本发明提供了柔性浮式水囊防波堤的设计方法、存储设备及计算设备，涉及海港防波堤技术领域，包括确定工程海域波浪参数以及水囊防波堤需满足的透射要求并对水囊防波堤进行理论建模。基于实际海域，给出水囊防波堤可选尺寸范围的同时设置水囊防波堤充盈度和相对密度的范围、计算在相关波浪条件下的水囊防波堤评价因子、计算得到水囊防波堤设计参数，本发明通过进行理论建模，以计算防波堤评价因子的方式来得到适合实际海域的水囊防波堤的设计参数，实现制作的柔性防波堤的性能更好的适应实际海域满足使用需求。本发明得到的柔性浮式水囊防波堤具有施工快捷、经济环保、适用性广等特点，在消浪的同时不会对环境产生影响，可有效减少泥沙的淤积。