本发明公开了一种考虑碳流分布的分布式能源站低碳经济运行方法，包括：步骤一：在已有的碳流计算方法的基础上，将网损等效看作为负荷，进行无损化处理；步骤二：在无损化处理的基础上，建立节点碳势计算模型；步骤三：利用顺碳流追踪方法，计算得出节点i的总注入功率；步骤四：构建基于值的分布式能源站异质能源评估模型；步骤五：构建基于改进机器学习算法的分布式能源站低碳经济运行模型，优化目标为最低的运行成本、碳排放量和最大化系统的效率，以系统经济性、碳排放量以及效率为输入变量，对分布式能源系统进行优化。本发明实现对分布式能源站能流的碳排放分布情况进行精准跟踪，提升分布式能源站对新能源发电的就地消纳能力。