本发明公开了一种动态小时级水电站厂内避振负荷分配方法，包括：建立电站全机组全工作水头下的动态综合振动区模型，建立负荷任务与机组组合耦合的避振负荷分配模型，利用优化算法搭建机组避振下的电站经济运行模型，具体包括：将连续水头拟合的动态综合振动区中含有的机组组合和出力区间信息与负荷需求进行比对，获得初步机组组合形式；再通过限制条件进行二次筛选，利用负荷分配公式完成初步出力安排；最后通过粒子群算法对初拟的全天机组出力进行深度优化。本发明将机组全时段全水头下的避振运行与厂内经济运行相结合，使得在运水电机组在某一负荷需求下运行在稳定区间时，实现更小的耗水量消耗，有效提高水电站的经济效益。