本发明涉及海产经济贝类遗传育种技术领域，特别是一种毛蚶抗弧菌新品种的育种方法。具体为利用半致死浓度的副溶血弧菌胁迫成体毛蚶，对15％存活的个体进行恢复以8％留种率筛选获得抗弧菌毛蚶种贝，进行室内车间育肥将毛蚶培育至性腺发育成熟，并于诱导产卵前通过灭活的副溶血弧菌诱导毛蚶产生可遗传的免疫因子；而后诱导毛蚶产卵，获得毛蚶F1代抗弧菌品系，再将F1代采用“北育南养”的繁育和养殖技术快速将毛蚶苗种培育至性成熟；此后，每年按照胁迫筛选种贝、增强子代免疫力和“北育南养”的方式连续选育即获得遗传稳定、性状优良的毛蚶抗弧菌新品种。本发明方法可显著提高毛蚶的抗弧菌能力和养殖存活率，提高毛蚶养殖业的良种保存与供应能力。