本发明涉及水井治理技术领域，具体是一种串层污染水井治理方法，其包括步骤S1：在隔水层所在的井壁管上设置封堵层，用于封堵井壁管与隔水层之间的环状空间，防止含水层的污染物沿着环状空间进入取水层；步骤S2：在封堵层的顶端放置井管，井管与上段井壁管之间形成环状空间I，封堵环状空间I，并将井管与凝固后的环状空间I作为新的井壁；步骤S3：贯穿封堵层，启用水井；实现了永久封堵中部隔水层防止上部含水层中的污染物经井壁管与底层之间的环状空间进入下部取水层的目的，同时下放新的井管，使得水井能够继续使用，有效提高了水资源的利用率，延长了水井的使用寿命。