本发明公开了一种考虑隐私约束的多数据中心协同调度方法及系统，涉及任务调度领域。包括：多个数据中心分别构建多个任务的调度策略模型；模型的输入层包括任务特征、计算资源特征以及环境特征；模型的输出层包括调度策略；将多个数据中心的调度策略模型构建无向图；调度策略模型进行多轮训练后，每个数据中心与相邻数据中心的模型参数进行聚合，得到调度策略优化模型；利用调度策略优化模型得到多个数据中心的任务调度策略。本发明解决了多个数据中心主体间隐私保护的问题。