本发明属于生物发酵领域，具体涉及一种唐古特铁线莲酵素的制备方法及其应用。该方法具体为：首先将唐古特铁线莲加入稀释后的大豆浆，进行研磨，得混合浆料；然后进行发酵，将后发酵液灭酶后进行挤压过滤，得滤液即可。本发明提供的制备方法，能够充分提取唐古特铁线莲中的活性成分，延长唐古特铁线莲产业链，实现提质增效；本发明制备得到的唐古特铁线莲酵素，能够应用于化妆品的制备，作为活性成分，其中含有的活性物质具有抗菌、抗炎、抗氧化生物学效应，保湿效果好，温和无刺激，延缓肌肤衰老，应用范围广泛，可用于制备精华液、面膜、洗手液等功能性护肤品及日化品。