本发明提供一种色谱用表面多孔硅胶微球、表面多孔硅胶微球色谱填料及其制备方法。该方法包括：称取实心硅胶微球分散于乙醇与水形成的混合溶剂中；给该混合溶剂中加入氨丙基三甲氧基硅烷作为固载剂，将整个体系搅拌均匀并加热；然后给体系中一次性加入硅溶胶溶液反应；离心反应后溶液、烘干，获得表面多孔硅胶微球粉末；将粉末在室温用蒸馏水超声分散，再离心，烘干；最后，在马弗炉中500℃煅烧3h，最终得到烧结成型的表面多孔硅胶微球。本发明具有制备速度快、生产成本低的特点。