本发明属于微生物采油技术领域，具体涉及一种利用油藏内源微生物控制CO2驱油气窜的方法。所述方法步骤如下：试验油藏的筛选，试验油藏的筛选需要满足油藏和菌群两个条件；烟道气预处理，用地层水配置脱硫脱氮激活剂，然后与烟道气复合，利用脱硫脱氮激活剂激活地层中的硫酸盐还原菌和反硝化菌，去除烟道气中的SO2和氮氧化合物，得到脱硫脱氮烟道气；脱硫脱氮烟道气和微生物采油注剂注入，首先注入脱硫脱氮烟道气，然后注入微生物采油注剂；后续水驱顶替，将脱硫脱氮烟道气及微生物采油注剂顶替到油藏深部。本发明通过天然岩芯驱油实验并结合CT图像技术判定微生物的封堵作用，从而有效地提高CO2驱油封堵现场试验效果。