本发明涉及智能制造中一般的控制或调节系统，公开一种制导飞行器速度控制方法及系统，以提高控制的有效性和精度。方法包括：步骤S1、通过风洞试验确定不产生激波和波阻的飞行速度阈值；步骤S2、检测当前的飞行速度是否大于所述飞行速度阈值，如果是，执行后续控制流程；否则，等待在下一次检测时间到来后，再重新检测相对应的飞行速度与所述飞行速度阈值的大小关系；步骤S3、计算将当前飞行速度阈值降至所述飞行速度阈值所需阻力对应的额外飞行攻角；步骤S4、计算所述额外飞行攻角所对应的额外过载指令，将该额外过载指令与原过载指令叠加后得到本次速度控制所对应的目标过载指令；然后再根据所述目标过载指令进行速度控制。