本发明提供了一种并网逆变器故障穿越复合补偿控制方法及系统，获取并网点电压幅值，当并网点电压幅值小于等于设定值时，启动低电压穿越控制；启动低电压穿越控制后，在有功环中投入功角前馈，无功环投入电压前馈，虚拟阻抗部分投入暂态虚拟电阻；电网电压恢复至正常范围后，电压前馈退出，并启动定时器，定时器结束后判断系统是否进入稳态，系统进入稳态后，判断功角前馈的补偿值是否大于设定值，如果大于设定值则进行功角平滑退出，否则功角前馈部分退出，系统退出低电压穿越模式，恢复到正常工作模式。本发明引入了功角前馈、电压前馈及暂态虚拟电阻，加快了低电压穿越期间输出功率的响应速度，同时抑制了瞬态冲击电流，保证设备的安全运行。