本发明公开了凡纳滨对虾羧肽酶B基因及其与饲料利用率相关SNP标记和应用。3个SNP分别其位于凡纳滨对虾lv‑CPB基因的335位点、640位点和1253位点处，335位点突变类型为C/C、C/T、T/T，640位点突变类型为A/A、G/A、G/G，1253位点突变类型为C/C、G/C、G/G。在饲料利用率性状上，335位点SNP标记T/T优于C/T优于C/C，640位点SNP标记G/G优于G/A优于A/A，1253位点SNP标记G/G优于G/C优于C/C。利用本发明提供的测序检测凡纳滨对虾基因SNP标记方法，能够简单、快速、低成本、精准的检测3个位点的多态性形式，可用于准确筛选凡纳滨对虾饲料利用率高亲虾个体和选育群体，及维持省料凡纳滨对虾品系。