本发明公开了一种基于配电自动化系统的故障行波测距方法及系统，包括：通过行波采集装置收集数据；当配电网发生故障时，行波装置响应并启动录波；将行波录波文件上送给主站，主站收到数据后对故障录波文件进行解析得到行波波形数据；主站根据行波数据获取行波波头时刻数据，进行故障定位。本发明提供的基于配电自动化系统的故障行波测距方法，依托现有的配电自动化终端和主站，开展低成本二次开发，攻克复杂配电网故障行波检测易受干扰、误启动频繁等技术难题，实现多分支复杂配电网故障点的精确行波测距，指导运维人员快速排除隐患。