本发明提供了一种慢性肾脏病风险预警方法及系统，从电子病历中获取与关键词对应的值，构成 三元组，将值的词嵌入编码和重要度的词嵌入编码进行拼接得到每个关键词对应的编码结果；根据所述重要度将排序后的编码结果分为三个子集；对每个子集分别计算采用多头注意力机制计算注意力得到第一注意力，并对所有关键词对应的编码结果采用多头注意力机制计算注意力得到第二注意力；根据重要度、第一注意力、第二注意力得到编码器的输入，将编码器的输出作为MLP的输入，得到慢性肾脏病的风险概率。本发明针对不同的因素采用分组的方式计算注意力，并将第一注意力输入到编码器的每一层，提高了预测的准确性。