一种选择性虚拟合成矢量嵌入的谐波抑制方法及系统，包括以下步骤：S1：计算直流级联储能系统中各个功率模块谐波矢量vs的谐波幅值；S2：对谐波矢量vs，选择幅值最大的矢量vs1作为基准矢量，与幅值第二大和第三大的矢量构成初始空间三角形并计算相位角；S3：选择第四大的谐波矢量vs4，与vs2、vs3叠加，构成虚拟合成矢量vc,3，与vs1、vs4构成新的空间三角形；计算vs4；S4：重复S3的过程，计算vsN的相位角；S5：对直流级联储能系统各个模块中的谐波矢量的相位进行优化更新。S6：将更新后的相位角转换为载波相位，与占空比信号比较，输出控制PWM，实现谐波抑制。本方案具有较强的可靠性和灵活性。即使在极端条件下，该方法也不需要判断子模块的切换状态或数量。