本发明公开了一种沉井自动定位沉放系统及其施工方法，在沉井待沉放设计位置的上下游设置锚墩平台，并在锚墩平台上布置自动系缆装置，锚缆的一端连接自动系缆装置、另一端连接沉井，依靠锚墩平台作为反力支撑点，通过多个自动系缆装置自动张拉或松动对应的锚缆，形成对沉井平面位置或扭角的配合调整，提高了对锚缆操作的便利性，很好的解决了沉井在水中运动过程中受力安全的问题，在沉井定位沉放过程中各个工序转换相对操作简便，缩短了在桥梁建造过程中关键线路上的工期，提高了沉井着床工作效率，对于不同的锚缆可同时利用对应的自动系缆装置同步操作，降低了换缆的人工、时间成本，提高沉井下沉施工效率，同时对于锚缆调整的精度更有保证。