本申请是关于一种快速鉴别色素万寿菊雄性不育两用系中育性的方法，包括以下步骤：（1）将色素万寿菊雄性不育两用系种子于太阳下晾晒后，挑选出质地饱满的种子进行消毒，无菌水冲洗，备用；（2）将步骤（1）中得到的备用种子在超净工作台中平铺于萌发培养基上，密封后移入培养室培养；种子在第二天部分萌发，在第30d时出现花骨朵，部分植株35d开始绽放；（3）对已开花雄性不育两用系进行观察鉴别，雄蕊败育即为雄性不育株，雄蕊不败育即为雄性可育株。该方法快速简单，能够较好地提高选择效率，对于色素万寿菊雄性不育两用系中育性鉴别时长由100d缩短至40d左右，提高了育种进程。