本发明公开了一种模拟自然生态环境的珊瑚礁系统，包括养殖系统以及与养殖系统相匹配的水循环系统及照明系统，所述照明系统设在养殖系统所处空间的上方，所述养殖系统的顶部设有相匹配的遮光系统，所述养殖系统包括幼体养殖区、成体养殖区和养殖池，所述养殖池内腔的后侧固定连接有造浪机，所述养殖池内腔的右侧固定连接有石景区，所述水循环系统包括水箱。本发明通过照明系统、遮光系统、养殖系统和水循环系统配合使用，具有方便对模拟系统内部各部件进行实时控制，便于珊瑚养殖的优点，在使用时，工作人员可对模拟系统内部各部件进行实时控制，有利于珊瑚幼体的附着、生长以及成体的移植，方便工作人员的使用。