本发明提供一种医用聚醚醚酮复合材料及其制备方法和应用，通过所述制备方法，使得磷酸钙的质量百分含量在聚醚醚酮基材上径向梯度增加，既能保证聚醚醚酮基材的高模量，又能促进成骨细胞的增殖，提升骨诱导能力；此外可以通过调控磷酸钙层中磷酸钙的梯度浓度，调控聚醚醚酮复合材料的骨整合能力，以匹配植入物所在部位所需要的骨愈合速率；磷酸钙层通过水凝胶体系整合到聚醚醚酮基材的表面，且该水凝胶体系为生物可降解的聚乙二醇水凝胶，可保证体系的无细胞毒性；聚醚醚酮基材以及聚醚醚酮颗粒都进行了改性处理，可与聚乙二醇衍生物之间形成化学键合，增强复合体系的相容性，加强层与层之间的结合程度，保证聚醚醚酮复合材料具有一定的力学模量。