本发明公开了一种基于多维域编码的阵列雷达抗主瓣干扰方法及系统，包括获取接收信号，并对所述接收信号进行混频，得到混频后的信号；依次对所述混频后的信号进行慢时间相位补偿、离散傅里叶变换、信号分离和脉冲压缩处理，得到脉冲压缩后的信号；根据脉冲压缩后的信号、干扰信号和噪声得到接收总信号；根据所述接收总信号得到干扰抑制结果。本发明采用多维域编码的雷达新体制，相较EPC‑MIMO雷达体制，使用多普勒调制实现雷达发射波形分离，克服了在干扰功率很高时EPC‑MIMO雷达正交性无法满足要求的缺点，提高了MIMO雷达的抗干扰能力。